Nachdem Shinichi geschrumpft war, wurde er wieder in die Grundschule gesteckt, wo er schnell neue Freunde fand, darunter waren Genta Kojima, Ayumi Yoshida und Mitsuhiko Tsuburaya. Diese 4 trafen sich regelmäßig und spielten miteinander, und Shinichi (Conan) muss natürlich mitmachen um nicht aufzufallen, denn wenn es rauskommt, dass er gar kein kleiner Junge ist, sondern schon ein Oberschüler wird die Organisation in schwarz versuchen ihn umzubringen. Nach einer geraumen Zeit kommen die Freunde in Kontakt mit einem Kriminalfall, Conan löst diesen auf und seine Freunde denken sie hätten ihn gelöst, so kommt Genta auf die Idee eine Detektiv Gruppe zu gründen, die Detective Boys! Nach der Gründung der Gruppe geraten sie immer wieder in irgendwelche Mordfälle, Überfälle etc. hinein, da sie natürlich jeden Fall lösen wollen, der ihnen nahe kommt. Natürlich lösen sie auch jeden, jedoch immer nur durch Conans Hilfe, jedoch wird immer die ganze Gruppe belohnt, damit nichts auffällt. Später kriegen die Detective Boys ein neuen Mitglied, Ai Haibara, die ehemalige Anführerin der Organisation in schwarz wurde ebenfalls geschrumpft und kam nun in die selbe Klasse wie Conan. Sie hat nichts gegen Shinichi, da die Organisation selber versucht die umzubringen. Dadurch, dass sie in der Gruppe ist, verändert sich auch das Verhältnis der Freunde untereinander: Ayumi ist in Conan verliebt, Mitsuhiko ist in Ayumi und in Ai verliebt, Genta ist in Ayumi verliebt, und Ai ist höchst warscheinlich in Conan verliebt. Die Gruppe erlebt viele Abenteuer und sie erhält viele Belohnungen von der Polizei, da sie schon so manch kniffligen Fälle aufdecken.
Die örtliche Polizei ist, wie der Name schon verrät, die Polizei aus der Ortschaft wo Conan und Co. wohnen. Sie kommt sehr oft vor, fast in jeder Folge ist sie vertreten, denn sie taucht immer dann auf, wenn ein Mord geschieht oder sonst irgendwo was nicht in Ordnung ist, also ist sie fast in jeder Folge dabei. Leiter dieser Polizei ist unser allseits bekannte Inspektor Megure, der damals mit Kogoro zusammen gearbeitet hat. Jedoch ist nicht nur Inspektor Megure mit von der Partie, natürlich gibt es auch andere Polizisten, doch die Hauptpersonen der Polizei listen wir hier mal auf.
Die Osaka Polizei ist Polizei die in Osaka nach Recht und Ordnung schaut. Viele Polizisten sind nicht bekannt, da sie nicht so oft auftaucht, jedoch sind ein paar des Öfteren schon mal aufgetaucht.
In jeder Folge von Detektiv Conan gibt es einen Bösewicht, in jeder Folge ist einer der Täter, der den ermordeten wegen irgendeinem Motiv zur Strecke gebracht hat. In Jeder Folge hat ein anderer den Einbruch verübt, das Kind gekidnappt, den ermordeten vergiftet und und und.. Doch Conan hat auch seine besonderen Gegner, die immer wieder auftauchen um Böses zu verüben, darunter zählen die berüchtigten Männer in Schwarz, die Conan zu das gemacht haben was er ist, oder Meisterdieb 1412, der Magier der nie gefasst wird..
Die Männer in Schwarz, auch Organisation in Schwarz genannt, ist die Truppe, die Shinichi schrumpfen ließ. Die Organisation in schwarz hat ein sehr großes Mitgliedernetz, doch nur sehr wenige der Mitglieder sind bekannt und tauchen überhaupt mal in der Serie auf. Die Aufträge der Organisation sind alle illegal veranlasst, mal Schmuggel, mal Raub, oder töten.. Die Männer in Schwarz würden jeden töten, ob derjenige jetzt in der Gruppe ist, ein Zivilist oder ein Polizist, sie schrecken vor nichts und niemandem zurück, alle in dieser Organisation sind eiskalt, und wer einmal Mitglied ist, kann nicht mehr zurück, jedenfalls nicht lebend. Wie der Name schon sagt tragen alle Mitglieder schwarze Klamotten, schwarze Hosen, schwarze Schuhe, Sonnebrillen etc., wenn sie jedoch nicht grade einen Auftrag erledigen, sondern ganz normal einkaufen gehen oder sonst was, dann tragen sie normale Klamotten, daher ist es sehr schwer sie zu finden. Die Männer in Schwarz haben das Gift APTX 4869 selbst entwickelt, um damit schneller jemanden auszuschalten. Erfunden hat es Sherry (Ai Haibara), sie wurde von der Organisation gezwungen dies zu tun. Die Mitglieder der Männer in Schwarz haben alle Decknamen, jedoch nicht irgendwelche, alle Decknamen sind auch gleichzeitig Namen eines Alkoholischen Getränks, wie Sherry zum Beispiel.